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起訴期限與訴訟時效都屬于訴訟程序當中的期間問題，這兩者雖然是具有一定的共性但是也存在不同之處，兩者性質不同、期間變化不同、起算時間不同、價值取向以及立法目的均不相同。行政訴訟的起訴期限屬于除斥權性質，是一個固定期間，不存在中止、中斷的情形，除非有正當事由并由人民法院決定，才可以對被耽誤的法定期限予以延長;訴訟時效期間為可變期間，存在中斷、中止的問題，只要具有法定事由，便可將其中止、中斷和延長。
1.起訴期限與訴訟時效的性質不同。
起訴期限規定在《行政訴訟法》第四十六條至第四十八條，鑒于《行政訴訟法》是程序法，因此起訴期限是程序性規定;訴訟時效規定在《民法總則》第一百八十八條至第一百九十九條，而《民法總則》是實體法，所以訴訟時效是實體性規定。
2.起訴期限與訴訟時效的起算時間不同。
行政訴訟的起訴期限從相對人知道或應當知道具體行政行為之日起計算，其采取的是客觀行為的標準，強調“行為”，其一般期限為六個月;而訴訟時效的起算時間從當事人知道或應當知道權利被侵害之日起，以當事人主觀感知權利被侵害為標準，強調“權利”，其一般期限為三年。
3.起訴期限與訴訟時效的價值取向和立法目的不同。
行政訴訟法中之所以設立起訴期限，在于督促相對人盡快行使權利，提高行政機關執法效率，維護行政管理秩序的穩定，起訴期限在追求法律自由和公正價值的同時，更傾向于追求法律的秩序和效率價值;民事實體法中規定訴訟時效，其目的在于經過法定期間使原權利人喪失權利，使長期存在的事實狀態合法化，有利于經濟秩序和法律秩序的穩定。
《中華人民共和國行政訴訟法》第四十六條規定：”公民、法人或者其他組織直接向人民法院提起訴訟的，應當自知道或者應當知道作出行政行為之日起六個月內提出。法律另有規定的除外。因不動產提起訴訟的案件自行政行為作出之日起超過二十年，其他案件自行政行為作出之日起超過五年提起訴訟的，人民法院不予受理。”
行政訴訟的起訴期限，是指公民、法人或者其他組織不服行政機關作出的行政行為，而向人民法院提起行政訴訟，其起訴可由人民法院立案受理的法定期限。行政訴訟起訴期限是法律設定的起訴條件之一，解決的是行政起訴能否進入司法實體審查的問題。行政訴訟中的起訴期限不同于民事訴訟中的訴訟時效，其主要區別在于：
第一，行政訴訟的起訴期限從相對人知道或應當知道行政行為之日起計算，而訴訟時效的起算時間從當事人知道或應當知道權利被侵害之日起。
第二，起訴期限是一個固定期間，不存在中止、中斷的情形，除非有正當事由，并由人民法院決定，才可以將被耽誤的時間予以扣除或延長期限。而訴訟時效屬于可變期間，只要具有法定事由，便可將其中止、中斷和延長。
第三，人民法院可以依職權審查起訴期限，相對人超過起訴期限起訴的，人民法院將裁定不予受理，受理后發現超過起訴期限的，裁定駁回起訴，即相對人喪失了起訴權。而人民法院通常情況下不主動審查訴訟時效問題，訴訟時效也不是民事訴訟起訴的法定條件，當事人并不喪失起訴權;對方當事人提出訴訟時效抗辯經人民法院審理發現超過訴訟時效的，判決駁回原告訴訟請求，即當事人喪失的是勝訴權。
行政訴訟法之所以設立起訴期限，在于督促相對人盡快行使權利，提高行政機關執法效率，維護行政管理秩序的穩定。如果允許相對人任何時候都可以對行政行為申請救濟，勢必使行政行為一直處于被質疑和否定的狀態，既影響行政效率，還會給行政管理秩序帶來混亂。正因如此，行政訴訟法才規定了最長訴訟保護期限。
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